기자협회는 성명서에서 "철저한 내부조사를 통해 진실을 밝히고 연루된 인사들은 지위 고하를 막론하고 엄정 처벌해야 한다"면서 "과거 군사독재정권이 정보기관을 통해 조심스레 정치사찰과 언론사찰을 했던 것과 비교할 때 이번 성향 조사는 너무 대범해서 기가 질릴 지경"이라고 지적했다.
전국언론노동조합도 "이번 언론사찰 파문의 모든 책임을 지고 이경숙 인수위원장은 즉각 사퇴할 것을 촉구하며 진실 규명을 위해 인수위에 대해 독립적인 기구가 감사를 시행해야 할 것"이라고 주장했다.
민주언론시민연합은 "언론인에 대한 사찰은 국민의 알 권리와 표현의 자유라는 주요한 역할을 하는 언론을 정권의 도구나 시녀로 부리는 행위로 후진국에서나 일어날 법한 일"이라고 목소리를 높인 뒤 "이명박 정부는 안이한 '꼬리 자르기'식 대처에서 벗어나 이번 사건에 대한 철저한 자기반성은 물론 언론정책 전반에 대한 검토와 함께 구체적인 재발방지 대책을 마련하기를 촉구한다"고 밝혔다.
언론개혁시민연대는 이에 앞선 12일 "이명박 당선자는 즉각 공개사과하고 이경숙 인수위원장은 책임지고 사퇴해야 한다"면서 "역사의 시계를 거꾸로 돌리며 언론탄압과 정치사찰을 일삼는 인수위에 분노를 금할 수 없다"고 말했다.
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